主席：黄昭堂
これを機に現代台湾独立運動が誕生した。
この運動は１９５０年代に台湾共和国臨時政府の樹立という形で注目を引いたが、１９６０年代に入って世界各地に散在する台湾人留学生が独立運動の主力となった。
１９５６年に米国の台湾人留学生が「台湾人のための自由台湾委員会（略称３Ｆ）」を結成した。１９５８年に「台湾独立聯盟（略称ＵＦＩ）」と改称、一時中断したあと、１９６５年のマジソン会議を経て１９６６年に「全米台湾独立聯盟（略称ＵＦＡＩ）」として再スタートした。
日本では１９６０年に台湾青年社が結成され、１９６３年に台湾青年会と改称、１９６５年に台湾青年独立聯盟と改称した。
カナダでは１９６４年に台湾人権擁護委員会が成立、人権の側面から独立運動が進められた。
ヨーロッパにおいては１９６７年に「全欧台湾独立聯盟」が結成された。
これらの組織はいずれも台湾人留学生を中心に結成されたものであり、かれらは雑誌やパンフレットの発行、新聞、雑誌への投稿、著作、学者や政治家との接触、国際機関や各国政府機関へのアピールの形で独立運動を展開した。
１９７６年にブラジルに「南米本部」が設けられ、６本部体制になった。
１９８７年に名称を台湾独立建国聯盟に改称したが、略称は台独聯盟のまま、英文名称とその略称もそのままである。
台湾内部では自由化が進み、１９９１年から聯盟幹部の台湾帰還強行突破作戦がとられ、台湾内外の同志の連携プレーが效を奏し、１９９２年に海外独立運動者の台湾帰還が完全に可能になった。
台湾独立建国聯盟の総本部は１９９１年に台北市に移転され、従来の台湾本部と合体して、直属本部と改称され、全世界の他の５本部を統轄して、台湾独立運動を展開している。